Que se passe-t-il si le locataire prende sa residence principale à l'adresse du bien louée avec un bail court durée? Par example en terme de preavis ou prolongation du contrat au dela des 3 ans.
Quel sont les consequences si dans le bail courte duréo on mentionne que le locataire doit prendre la residence principale à l'adresse du bien?

Le fait que le locataire soit ou non domicilié dans les lieux loués ne change rien aux conditions du bail. Un bail de logement concerne en principe la résidence principale, à moins qu'il ne soit clairement mentionné qu'il s'agit d'une résidence secondaire et que l'adresse de la résidence principale soit indiquée.
Un bail de résidence principale peut avoir une courte durée (max. 3 ans).
Si le locataire reste dans les lieux au delà de l'échéance prévue, le bail se transforme en bail de 9 ans, dont le début coincide avec la date de prise de cours du contrat.
Si je comprends bien votre question, vous vous trouvez donc dans la situation d'un bail de résidence principale de courte durée, ce qui est parfaitement légal.

Dans les baux il est souvent stipulé que le locataire "élit domicile dans les lieux loués". Cela ne concerne pas la domiciliation à la commune mais signifie seulement que tous les actes de procédure (actes d'huissier surtout) doivent être envoyés à l'adresse du bien loué "comme si" le locataire était effectivement domicilié à cette adresse!