Vous ne pouvez pas faire un bail de 3 ans. Il serait considéré comme nul. Le bail existe et est en cours.
Vous ne pouvez pas rajouter de clauses dans le bail. Vous pouvez préciser cependant certaines choses si elles ne sont pas claires pour le locataire. L'entretien est en effet toujours à charge du locataire.

Qu'est-ce que vous désirez rajouter comme clauses?

Bonjour!
Je suis propriétaire d'un appartement loué depuis le 25 février 2013 comme résidence principale dans la région flamande.
Le bail n'a pas été enrégistré. Maintenant je  voudrais regulariser le bail mais je ne sais pas ce que je peux faire.

N'est-il pas prévu dans le bail qu'il est reconduit automatiquement pour la même durée s'il n'y a pas de renon?

Si la réponse est positive, la bail de 2013 est réputé avoir été conclu pour une période de  9 ans. Le loyer et les autres conditions demeurent inchangés par rapport à ceux convenus initialement, même si un nouveau contrat est conclu entre les mêmes parties (art. 3, § 6, al. 4 et 5, loi sur le bail de résidence principale).

Vous avez un bail en cours, qui est valide. Vous ne pouvez donc pas le modifier en réalité, sauf de commun accord avec le locataire (et encore, pas sur tout).
Le fait que vous ne l'ayez pas fait enregistrer ne le rend pas inexistant pour autant. C'est juste que vous n'avez pas accompli une formalité obligatoire. Cependant, ce n'est pas le problème du locataire. Vous pouvez le faire enregistrer 'en retard', moyennant le paiement d'une petite amende.

Si vous voulez modifier le bail, il vous faut l'accord de votre locataire. Et il est plus commun de faire un 'avenant au bail' plutôt que de modifier entièrement celui-ci.

A la place de votre locataire, aucune chance que j'accepte un nouveau bail de moins de 3 ans (courte durée), alors qu'il sera sous bail de 9 ans dans quelques jours, avec les avantages de préavis sans indemnités qui vont avec.

Merci pour votre aide.