Je pense que je me suis mal exprimée . J'attends une réponse du propriétaire pour savoir s'il choisit l'option dédommagement ou l'option agence

Si rien de préalable n'est précisé dans ce choix, c'est à vous de choisir l'option voulue au moment où vous résilier le bail.
Je vous suggérerais de contacter l'agence, pour voir s'ils n'ont pas déjà des candidats qui reprendraient le bail - on ne sait jamais.
Sinon, indiquer à l'agence et au propriétaire le choix que vous faites, vous y tenir, et proposer déjà des dates pour l'état des lieux de sortie au terme du préavis.

Dans un contrat de bail, on peut s'attendre à ce que , au moment de sa conclusion, une des  2 alternatives aie été cochée ou qu'une des 2 alternatives aie été biffée.

Votre fils a remis un préavis de départ anticipatif.
Si le bail le prévoit, et qu'il indique un indemnité de 3 mois, il vous suffit de payer celle-ci avant le terme du préavis (ou au moment de l'état des lieux de sortie). Vous évitez ainsi l'hypothèse que l'agence ne retrouve personne rapidement - ce qui est très probable en milieu d'année s'il s'agit d'un logement pour étudiant.
Attention, généralement, les frais de l'état des lieux de sortie sont supportées entièrement par la partie fautive.

Quelle décision attendez-vous du propriétaire ? Vous avez mis fin au bail, il a sûrement acté.
S'il a délégué la gestion à une agence, c'est elle votre interlocutrice.

Voilà mon soucis , mon fils étudiant loue un studio , contrat de bail de 2 ans  débutant le 01/08/2015 . Il a donné son préavis de 3 mois  de départ le 15 octobre pour que le préavis se termine le 31 janvier 2017.
Dans son contrat de bail il est indiqué qu'il est redevable soit de 3 mois de dédommagement soit il doit payé l'agence pour le remettre en location et qu'il est redevable jusqu'à ce que l'agence aie trouvé quelqu'un.

1er soucis si l'agence met plus de 3 mois pour trouvé quelqu'un et que je paie déjà l'agence dois malgré tout payé plus ?

2ème soucis toujours pas de réponse à me lettre recommandée pour que le propriétaire me donne sa décision.

Je me vois mal aller signé avec l'agence en tant que locataire n'est ce pas au propriétaire à le faire et à me réclamer le prix ici même si le loyer est à 400 € un minimum de 500€ plus  TVA