article  3, § 5 de la loi de 1991 concernant les règles particulières aux baux relatifs à la résidence principale du preneur
"Il peut être mis fin au bail par le preneur à tout moment, moyennant un congé de trois mois.
  Toutefois, si le preneur met fin au bail au cours du premier triennat, le bailleur a droit à une indemnité. Cette indemnité est égale à trois mois, deux mois ou un mois de loyer selon que le bail prend fin au cours de la première, de la deuxième ou de la troisième année.
 
Après la période de deux mois visée à l'article 32, 5°, du Code des droits d'enregistrement, d'hypothèque et de greffe et aussi longtemps que le contrat de bail n'est pas enregistré, tant le délai du congé visé à l'alinéa 1er que l'indemnité visée à l'alinéa 2 ne sont pas d'application." 

Cet article ne signifie pas que, après la période de 2 mois ET aussi longtemps que le contrat de bail n'est pas enregistré, le preneur peut quitter du jour au lendemain .

Quant au contrat de bail, il  prévoit que "dans le cas d’un bail de 9 ans, qui n’est pas enregistré dans les 2 mois de sa signature, le locataire peut quitter les lieux loués, sans préavis et sans indemnités." et qu'Il informera toutefois le propriétaire, par lettre recommandée, de la date de son départ au moins un mois à l’avance."

En l'espèce, un  bail 3-6-9 a été signé le 4 juin 2009 et a démarré au 1 juillet 2009. L'enregistrement a été fait le 6 novembre 2009 (soit en dehors du délai de 2 mois de sa signature dont il est question ds le contrat de bail et en dehors du délai de 2 mois visé à l'art. 32, 5° du code des droits d'enregistrement).
Le bail a été reconduit tacitement au 1 juillet 2018 pour une période de 3 ans.

Si l'on considère que l'article 3 § 5 dont il est question ci-dessus a un caractère impératif, la clause contractuelle mise en avant par le locataire ne serait pas applicable.  Il pourrait mettre fin au bail à tout moment mais moyennant un préavis de 3 mois.

Si c'est le même agent immobilier qui remet en location, demandez lui de le faire gratos et de le mettre dans ses frais de formation à lui!

Comme indiqué dans ma question initiale '31/08 à 17:04', la réponse est non.  Je n'ai pas cette clause Pim 2009.

Je ne l'ignore pas puisqu'elle ne figurait pas telle qu'elle a été reprise par Panchito dans le bail PIM 2009 .
Panchito cite une clause du bail PIM version 2019.
Les baux PIM sont mis à jour en fonction de modifications législatives.

Voici la clause (Bail PIM) qui aurait du figurer dans votre bail:
Après  la  période  de  deux mois instituée par la loi pour l’enregistrement d’un bail exclusivement affecté à un logement, et aussi longtemps que cette convention n’est pas enregistrée, le délai du congé et l'indemnité visée contractuellement, ou en vertu du décret relatif au bail d’habitation,à la charge du Preneur,ne sont pas d'application, pour autant qu'une mise en demeure d'enregistrer le  bail  adressée  par  le  Preneur  au  Bailleur dans  les  formes  requises soit  demeurée  sans  effet pendant un mois.

Le bail PIM, version 2009 ( la bail a été signé et est entré en vigueur en 2009) contenait-il cette clause ?

Quid (texte du notaire.be ci-dessous) "tant que le bail n'a pas été enregistré".  Et d'argumenter que la clause n'est plus d'application après l'enregistrement du bail.  Bonne ou mauvaise idée?

Une nouvelle loi de 2019 impose effectivement que le preneur ait adressé, préalablement au bailleur, une mise en demeure d'enregistrer le bail, qui doit être restée sans suite pendant un mois.

Mais est-ce à effet rétroactif?

Vous pourriez préciser la loi de 2019 que vous visez et plus particulièrement  l'article concerné relatif à l'obligation imposée au preneur que vous citez.
Cette loi ne prévoirait-elle pas l'entrée en vigueur de cette disposition ?

Mais est-ce à effet rétroactif?

Pourquoi donc rédigez-vous des clauses vous-mêmes alors que d'excellents baux sont disponibles gratuitement sur PIM?

Votre clause (art.15) est particulièrement mal torchée et ouvre la porte à de mauvais interprétations, dont le locataire tire profit.

Farpaitement. Et donc votre locataire a raison...