Si ce locataire est salarié et ne déduit pas ces frais à titre professionnel, vous ne courez aucun risque, quel que soit le type de bail. Je pencherais pour un bail de résidence secondaire en mentionnant le fait que le locataire reste domicilié dans son bien sis à XXX rue YYY  et loue pour avoir un pied-à-terre proche de son lieu de travail. Le bail de résidence secondaire est plus adapté et est aussi moins contraignant pour vous.

Avec la clause "Le Bailleur n'autorise pas qu'une partie du bien (en tout état de cause réduite : maximum 0 %) soit affectée à l'exercice par le Preneur d'une activité professionnelle... et le preneur assumera l'entière responsabilité de toute conséquence fiscale en cas de manquement à cette règle" vous n'avez de fait aucune garantie mais vous avez un recours possible en cas de souci.

Si ce locataire est salarié et ne déduit pas ces frais à titre professionnel... mais reçoit une indemnité de son employeur pour avoir un logement proche de son travail  ==> vous courrez un grand risque d'avoir des tracasseries en cas de contrôle

Vous pourrez vous défendre, faire payer votre locataire (peut-être), ... mais vous risquez d'avoir des discussions à traiter avec le fisc !

Par contre, je ne sais pas comment vous en préserver à part en mettant une clause dans le bail qui vous permettra de vous retourner contre votre locataire ! Par contre, soyez plus large que simplement refuser l'activité professionnel car une indemnité pour un logement proche de son lieu de travail, ce n'est pas affecter une partie du bien à une activité professionnel !

Avec la clause "Le Bailleur n'autorise pas qu'une partie du bien (en tout état de cause réduite : maximum 0 %) soit affectée à l'exercice par le Preneur d'une activité professionnelle... et le preneur assumera l'entière responsabilité de toute conséquence fiscale en cas de manquement à cette règle" vous n'avez de fait aucune garantie mais vous avez un recours possible en cas de souci.

S'il déduit le loyer ou que son employeur intervient dans les frais de location, ce sera considéré comme une location à usage professionnel...

... que le bail soit intitulé bail de résidence principale ou bail de résidence secondaire

Voir ici
et ici

Mais est-ce toujours le cas?

Doit-il choisir un bail de résidence principale ou secondaire?

Avec la clause "Le Bailleur n'autorise pas qu'une partie du bien (en tout état de cause réduite : maximum 0 %) soit affectée à l'exercice par le Preneur d'une activité professionnelle, est-on sûr que même s'il n'y exerce aucune activité professionnelle, cette location ne sera pas considérée par le fisc comme location professionnelle ?