Serais-je la seule en Wallonie à m'en étonner ?
Est-ce que mon raisonnement comporte une lacune qui m'échappe ?

merci pour tous ceux qui prendront le temps de m'éclairer et belle journée à tous

Merci pour votre courageuse tentative de réponse en tout cas.
Qui suis-je également pour dire au juge de paix qu'il se trompe ?   

N'étant pas juriste, il me renvoi simplement vers mon avocat.
Si seulement je pouvais trouver un jugement qui fasse jurisprudence là dessus ...

Une jurisprudence peut être unanime, majoritaire, isolée, disparate.
Et généralement, il est attribué plus de poids aux jugements et décisions des juridictions supérieures .

N'étant pas juriste, il me renvoi simplement vers mon avocat.
Si seulement je pouvais trouver un jugement qui fasse jurisprudence là dessus ...

Les questions:

A/ quel index doit être utilisé ? Selon le juge de paix, le code civil, plusieurs jugements récents du tribunal de première instance de Liège ainsi que le contrat de bail : l'indice à la consommation.
Selon Stabel, le comptable, l'AR de 1994 ainsi qu'un avocat de la cour de cassation conférencier qui a accepté gentiment de me répondre: l'indice santé.

Suivant le raisonnement développé par le Ministre de la Justice en réponse à une question écrite, " on peut dire que l'indice-santé est applicable au bail de résidence principale ainsi qu'au bail commercial et aux autres contrats de location lorsque l'indexation a lieu selon la règle de l'article 1728bis du Code civil."

https://www.lachambre.be/QRVA/pdf/48/48K0115.pdf
pages 75 et 76.

Dans ce cas , l'indice initial de septembre 1997 à prendre en considération pour l'indexation serait l'indice santé de ce mois (base 1988 :122,34) et non l'indice des prix à la consommation du même mois(base 1988 : 125,01).

Les réponses des Ministres aux QP sont données sous réserve d'une autre interprétation donnée par les tribunaux.

En matière d'indexation des loyers, qui serais-je pour départager les positions des juridictions liégeoises et  d'un avocat de cassation ?

( j'avais oublié le plaisir rare de voir une session sur un forum se clôturer alors qu'on avait pas encore enregistré le brouillon )

1.  le montant du loyer de base (celui qui est mentionné comme loyer initial dans le bail), hors charges
     initial: 25217.32€     renouvellement 1 : 28942.56€     renouvellement 2 :  ??
2.   la date de signature du bail;
     13/08/98     renouvellement signé le 2/6/2006     renouvellement non signé en 2016
3.   la date de prise d’effet du bail (qui n’est pas nécessairement la même que la date de signature…)
     1/10/98       prise d'effet du renouvellement le 1/10/2007    prise d'effet automatique le 1/10/2016
4.   région concernée (immeuble localisé en Flandre, en Wallonie ou à Bruxelles)
     Wallonie
5.   Bail enregistré ?
     oui
6.   existence ou non d’un certificat (encore valide. NB: durée de validité 10 ans) de performance énergétique (PEB-EPC)
     non, pas eu besoin jusqu'ici

Les questions:

A/ quel index doit être utilisé ? Selon le juge de paix, le code civil, plusieurs jugements récents du tribunal de première instance de Liège ainsi que le contrat de bail : l'indice à la consommation.
Selon Stabel, le comptable, l'AR de 1994 ainsi qu'un avocat de la cour de cassation conférencier qui a accepté gentiment de me répondre: l'indice santé.

B/  Quel indice de base doit être retenu pour le calcul de l'index ?
Comme précisé dans le contrat original c'est l'index 125.01 septembre 1997 soit base 1988 qui a été référencé (probablement le dernier index appliqué au moment des négociations (noter la date de référence qui va avec sur l'extrait joint) à ce moment là on ne connait pas encore la date de la signature du contrat et encore moins l'index du mois qui précèdera)
Le loyer a déjà été indexé lors de sa prise d'effet initiale.
Doit-on changer de "base d'index" ? au cours des 9 ans ?
Doit-on changer de base d'index au renouvellement ? et au suivant ? 1988 1996 2004 et 2013 dans ce cas ?

C/ Un renouvellement doit être demandé entre 15 et 18mois avant la fin du bail, et doit comporter les conditions du renouvellement, notamment du loyer.
Ce sont ces conditions qui seront reprises sur l'acte signé (dont on ne peut anticiper la date non plus, pas plus que l'index du moment)
Ce renouvellement est considéré comme un nouveau contrat, et ne peut donc être indexé avant son premier anniversaire (comme aurait
du l'être le contrat initial)
Bref à chaque renouvellement, 30mois s'écoulent sans possibilité d'indexation, est-ce exact ?   

D/ Pour le renouvellement auquel on a pas répondu et qui s'est renouvelé automatiquement en 2016 , quid de l'index de base ?
Quid du loyer à prendre en considération ? parceque les conditions du bail initial étaient plus intéressantes, que le loyer spécifié dans le
premier renouvellement et qui résultait d'un calcul d'index erroné

Pour un contrat sensé continuer "aux mêmes conditions que le contrat initial" , ça me fait un manque à gagner de 20.000€ au final , ce qui n'est pas rien.

J'espère trouver une porte où trouver des réponses "à graver dans le marbre"
Je ne suis peut-être pas la seule à me poser ces questions, mais je n'en ai pas trouvé d'autre en fait 
Merci d'avance