Au lieu de faire un nouveau bail pour le 2e étage, il eût été plus pertinent de faire un avenant au 1er en y élargissant les lieux loués et le montant total du loyer.

Aujourd'hui, il faudrait d'abord veiller à ce que le locataire soit d'accord pour modifier les accords existants (durées différentes) et conclure un nouveau bail où , en déclaration préalable les parties rappellent l'historique, expliquent la finalité du nouveau bail (concordance de la durée) et déclarent que "le présent bail annule et remplace les baux du... et du ..."

Voir aussi comment vous règlez les dates de référence pour l'indexation.