Fin de bail courte durée 3 ans

Que faire si après avoir remis un préavis de 3 mois par recommandé et copie par simple courrier avant la fin du bail vous constaté que le locataire reste dans les lieux et continue à vous payer le loyer; faut il le rembourser?

Si vous n'avez pas la preuve du fait que le locataire a reçu le congé, c'est comme si vous ne l'aviez pas donné! La preuve pourrait être le reçu d'un recommandé (même non retiré à la poste) ou la signature pour réception que le locataire aurait apposée sur le double de la lettre de congé.
Cela ne sert à rien de rembourser si le congé n'est pas susceptible d'être invoqué utilement en justice...

la lettre recommandée n'a pas été retirée à la poste par le locataire.( celui-ci ne réception jamais les lettres recommandées que je lui ai envoyées pour d'autres faits et ce malgré conparution devant le juge de paix et payement  des loyés en retard la veille de la convocation.)

Comme je vous l'ai dit ci-dessus, le fait qu'il n'aille pas chercher le recommandé est sans importance juridiquement. C'est comme s'il l'avait reçu.

Faut il  le convoquer devant le juge de paix avant la fin du bail
tenant compte que le délai de convocation est de 2 mois et si non comparution encore 1 mois de plus pour une requête et encore 2 mois de plus pour une expulsion.

Il est tout à fait possible de faire confirmer en justice la validité d'un congé, anticipativement, pour gagner du temps lors de l'échéance. Dans ce cas les frais sont à votre charge et vous devez expliquer dans la requête que vous avez des raisons de penser que le locataire n'obtempèrera pas au congé.

Peut on à la date d'échéance reprendre son bien et stocker dans un local annexe ses meubles?

Non! Il faut une action en justice et une expulsion par voie d'huissier. A moins, dans certaines conditions, que le locataire soit "parti à la cloche de bois" en ne laissant que des objets sans valeur. Mais il y a des précautions à prendre! Casse-cou...

Le locataire peut il considérer avoir droit à un bail  de 9 ans,si
je ne réagis pas rapidement?

Si vous n'avez pas de preuve du congé, le locataire a déjà un bail de 9 ans
Si vous avez cette preuve, il faut en effet réagir dès l'échéance. Recommandé + action en justice