Achat d'un bien loué sans bails enregistré

Bonjour,
Je vais effectuer l'achat d'une maison.
Cette maison et enregistrée comme maison modeste uni familial, mais un locataire occupe le rez-de-chaussée et les propriétaires l'étage.
Ils ont fait un bail de 9 ans non enregistré en 1999.
Je vais payé 6% de frais d'enregistrement et envoyer un recommandé le lendemain du jour de l'acte notarié pour signifier au locataire ces trois mois de congé avant de libérer la maison.
Est-ce que le bureau d'enregistrement, peut ce retourner contre moi pour me demander de payer 12% au lieu de 6% après avoir passé l'acte notarié, dois-je prévenir l'enregistrement de la situation, qu'est-ce que je risque comme problème.
Merci.
Pour info, une fois le locataire parti, je vais occuper l'entièreté de l'habitions.
L'ancien propriétaire, n'a jamais reçu l'accord pour louer une partie de son bien, mais la commune a cependant accepté de donné un numéro bis a l'habitation.
Le locataire et bien domicilié dans cette habitation ainsi que le propriétaire.