dois-je payer des indemnités au proprietaire?

je vois rien de noter concernant les indemnités mais plus loin il fait noter que si le bail est conclu pour une durée de 3ans fermes, le preneur pourra mettre fin au contrat en cas de circonstances exceptionnelles, moyennant preavis de 3mois et outre le paiement des loyers echus et à echoir, le versement d'une indemnité correspond à 3, 2 ou 1mois de loyer selon que le bail prendra fin au cours de la 1ere, 2eme ou 3eme année

oui ce contrat est assez special ... pourtant ce contrat est apparemment disponible sur ce site car c'est via mon contrat que je suis tombé ici ... ou puis-je contacter la legal hotline?

Si c'est le contrat type téléchargeable sur PIM.be, vous devez faire erreur. Vous êtes sur qu'il n'y a pas deux paragraphes bien distincts selon le type de contrat (court ou long terme)?
En résumé, un bail court terme (-3ans) n'est pas résiliable et un long terme (9 ans) l'est selon les modalités que vous avez décrites.
Maintenant, il est possible de déroger moyennant conventions.

Je ne vois pas ce qui est reproché à notre bail.

Il spécifie clairement:
"Le bail est conclu pour une durée de :
SOIT : Neuf années,
prenant cours le ......................................................................................
se terminant le ...............................................…….………….………………..............
Il prend fin à l’expiration de la période convenue moyennant congé notifié par l’une ou l’autre partie au moins six mois à l’avance.
A défaut d’un congé notifié dans ce délai, le bail est prorogé chaque fois pour une période de trois ans, aux mêmes conditions.
SOIT : ....... mois / années
(bail dit de courte durée, et de maximum trois ans),
prenant cours le ....................................
se terminant le .....…………………….................................., résiliable à l’expiration de chaque période de .…................……... moyennant préavis notifié au moins ................................à l’avance.

Dans l’hypothèse d’un bail de neuf années, le Bailleur peut mettre fin au bail, en
respectant les conditions visées à l’article 3 de la section du code civil intitulée « des
règles particulières aux baux relatifs à la résidence principale du Preneur, sans
préjudice pour les parties de convenir d’exclure ou de limiter cette faculté de
résiliation anticipée :
- à tout moment, en donnant un congé six mois à l’avance, s’il a l’intention d’occuper
le bien personnellement et effectivement ou de le faire occuper de la même
manière par ses descendants, ses enfants adoptifs, ses ascendants, son conjoint,
les descendants, ascendants et enfants adoptifs de celui-ci, ses collatéraux et les
collatéraux de son conjoint jusqu’au 3ème degré ;
- à l’expiration du premier et du second triennat, en donnant congé six mois à
l’avance, s’il a l’intention de reconstruire, transformer ou rénover l’immeuble en
tout ou en partie ; cependant, en vue d’assurer le bon déroulement des travaux, le
Bailleur de plusieurs logements dans un même immeuble peut, à tout moment,
mettre fin à plusieurs baux moyennant un congé de six mois, pour autant que le
bail ne soit pas résilié pendant la première année ;
- à l’expiration du premier et du second triennat, en donnant congé six mois à l’avance, sans motif, mais moyennant le versement d’une indemnité.
De son côté, le Preneur peut mettre fin au bail à tout moment, moyennant un congé de trois mois, et le paiement d’une indemnité égale à trois mois, deux mois ou un mois de loyer selon que le bail prend fin au cours de la 1ère, de la 2ème ou de la 3ème année. Après la période de deux mois instituée par la loi pour l’enregistrement d’un bail exclusivement affecté à un logement, et aussi longtemps que cette convention n’est pas enregistrée, tant ce délai de congé que cette indemnité ne sont pas d’application.

Lorsque le Bailleur use de sa faculté de résiliation anticipée, le Preneur peut lui aussi à tout moment mettre fin au bail moyennant congé d’un mois, sans indemnité.
Dans l'hypothèse d'un bail de courte durée, ce dernier ne peut être prorogé
qu'une seule fois, par écrit et aux mêmes conditions, sans que la durée totale de location ne puisse excéder trois ans.
De plus, et à moins que l'une ou l'autre des parties ne notifie congé par lettre recommandée au moins trois mois avant l'expiration de la courte durée convenue, le bail sera réputé avoir été conclu pour une durée de neuf ans à compter de la date d'entrée en vigueur du présent contrat.

En outre, si le bail est conclu pour une durée de trois ans fermes, le Preneur pourra mettre fin au contrat en cas de circonstances exceptionnelles, moyennant préavis de trois mois à notifier par voie recommandée, et outre le paiement des loyers échus et
à échoir, le versement d'une indemnité correspondant à trois, deux ou un mois de loyer selon que le bail prendra fin au cours de la première, deuxième ou troisième année."

Un bail de courte durée ne peut être résilié avant l'échéance, sauf mention contraire au contrat.
Donc, soit il est prévu quelque chose dans le vôtre, soit vous êtes tenu jusqu'à l'échéance finale.
Si vous voulez, vous pouvez recopier ici textuellement la partie en cause de votre contrat.