Ca sent l'usine à gaz votre truc. Et puis quelle drôle d'idée de mettre B dans A...
Je comprends que A est une société d'exploitation et B une immo. A est a priori nettement plus à risque que B. Si A se plante, B se plante avec.
Le bon schéma est A et B vous appartiennent toutes les 2 et son indépendantes l'une de l'autre. L'idéal est de mettre à la tête de l'immo une personne de confiance (votre conjoint ou un parent proche par exemple) tout en gardant le contrôle de l'actionnariat. Mais ce n'est pas obligatoire.
A et B signent un bail. Pour passer un peu plus inaperçu, les signatures sont différentes puisque votre conjoint / parent dirige B et vous A. Personne n'est dupe toutefois, certainement pas le fisc. Il faut donc que les loyers restent dans une fourchette de marché pour ne pas se faire redresser. Idéalement un petit rapport d'expert peut aider, mais évidemment ça coûte. Vous pouvez voir cela comme une assurance.
A est supposé enregistrer le bail. Mais ça ne lui rapporte rien puisque l'enregistrement protège le preneur contre son bailleur en cas d'aliénation. Et qu'il s'agit de votre poche gauche et de votre poche droite. Par contre, j'ai entendu que le fisc avait tendance à être plus sévère sur le redressement des loyers considérés comme hors marché si le bail n'est pas enregistré. L'idée étant que si le bail est enregistré, il est opposable au tiers, le fisc étant un tiers.
Quant à l'administration de l'enregistrement, mon expérience (20 ans quand même, ça ne me rajeunit pas) est qu'elle ne lèvera pas le petit doigt. Cette même expérience est que (sauf dans les lieux où les preneurs sont de très grosses sociétés), entre un tiers et la moitié des baux commerciaux ne sont pas enregistrés.
Moi, je ne m'inquiéterais pas pour l'éventuelle amende pour défaut d'enregistrement. Il y a dans votre situation des problèmes plus importants à régler d'abord.

Max11 a raison, vous êtes un peu dans la m****.
L'ancien bail n'a pas été résilié correctement, donc n'a pas été résilié. Si le locataire le souhaite, il reste et vous ne pouvez rien y faire et rien lui réclamer.
Vous avez loué une seconde fois les lieux. Donc le second locataire peut vous réclamer des indemnités.
Je ne peux que vous conseiller de trouver un accord à l'amiable.

Petit avis d'expert judiciaire spécialisé en commercial.
Les travaux du preneur commercial sont régis (dans l'ordre de priorité):
- par la loi de 1951 sur les baux commerciaux (art 7, 8, 9)
- par les prévisions du bail
- par le droit commun. 
En l'occurrence, votre question est régie par l'art 9, qui dit:
"Sauf convention contraire, lorsque des transformations ont été effectuées aux frais du preneur, avec l'accord exprès ou tacite du bailleur ou en vertu d'une décision de justice, le bailleur ne peut pas exiger leur suppression au départ du preneur, mais peut s'y opposer. Si les transformations ne sont pas supprimées, le bailleur a le choix ou de rembourser la valeur des matériaux et de coût de la main-d'oeuvre, ou de payer une somme égale à celle dont l'immeuble à augmenté de valeur.
Quant aux transformations entreprises par le preneur sans autorisation, le bailleur peut, soit en cours de bail, soit à l'expiration de celui-ci exiger la remise des locaux dans leur état antérieur, sans préjudice des dommages et intérêts, s'il y a lieu. S'il conserve les aménagements ainsi effectués, il ne doit aucune indemnité."

Donc par la loi, si rien n'est prévu dans le bail, le bailleur a l'obligation d'indemniser le preneur s'il a autorisé les travaux et qu'il les récupère en fin de bail. Sinon (càd si le preneur les enlève ou s'ils n'ont pas été autorisés) il en doit rien au preneur.

En pratique toutefois, il est rare que le bail ne prévoie rien. Le plus fréquent est que le bailleur accède à la propriété des travaux dès érection (oui, oui, c'est comme ça qu'on dit dans le jargon ). C'est aussi une clause anti-emmerdes assez efficace pour le bailleur.