N'en faites peut-être pas une généralité non plus 

Voir le vendeur de matériaux bois de votre région.

Ca n'a rien à voir avec l'enregistrement, mais avec le (très potentiel) risque de bail caduc.
Celui qui verbalisera est l'agent sanctionnateur de la commune.
Récemment, j'ai eu un rappel (ou plutôt une mise en demeure) par email de la RW pour une annonce pas encore fignolée sur Immovlan. Grmff également.

Je n'ai malheureusement plus la référence, mais "Annexée au bail" peut être juridiquement interprété par "prouver que le locataire a vu/reçu".
De ce fait, en plus de l'obligation d'annoncer le résultat du contrôle PEB dans une annonce, il convient d'indiquer au bail : "Annexe X : le certificat PEB du bien" ou encore une phrase dans les clauses du bail "le Preneur déclare avoir reçu copie du certificat PEB (et de... 'autre')".

Sur le fond, l'obligation peut se comprendre, mais :
- comme d'habitude, on oublie que les frais imposés à des propriétaires les pousse à répercuter inévitablement ceux-ci dans le loyer. Et le coût n'est tout de même pas anecdotique, en bonne partie grâce à l'usine à gaz qu'ils ont créés lors de l'encodage dans le logiciel de la RW.
- les locataires dans leur grande majorité n'y comprennent rien. Ils demandent toujours lors des visites des questions comme "c'est combien par mois, les charges ?"

Même si je ne pense pas que c'était  le sens de vos propos, faites très attention à ce qu'on vous dire sur internet. Vous risquez de vous confortez dans une idée
C'est affligeant de voir certaines discussions sur des réseaux sociaux, où les gens interviennent parfois avec peu de réflexion, peu d'expérience, et sans connaissance relative utile.

Je ne dirais pas que PIM.be est ce qu'il y a de mieux - bien que j'y crois  - car je ne prétends pas connaitre tout ce qui existe sur internet.
Mais ici, vous recevrez des pistes de réflexions utiles et généralement fondées sur de vraies expériences. (même s'il faut pour cela souvent se chiquer des remarques désobligeantes et un peu agressives).

Je ne partage pas cet avis.
Si la garantie locative était prévue au bail, l'obligation perdure. Vous pouvez exiger des locataires qu'ils la déposent, et prendre des actions pouvant mener à l'expulsion s'ils ne s'exécutent pas.

J'ai connu le cas - avec un avocat médiateur de biens, qui se faisait tirer l'oreille pour tout et rien - et il a du s'exécuter.

Pour l'enregistrement du bail : c'est plus les locataires qui devraient avoir peur. Vous pourriez reprendre possession du bien, étant donné que les baux ne vous étaient pas opposables.

Si, si si

"Les banques" sont décidément différentes de vos grandes affirmations...
Ca se passe très bien, et je n'y vois rien d'illégal, le compte étant approvisionné avec cet argent à la signature.

Aucune chance que je change de méthode.

C'est depuis que j'ai eu un cas du genre que je procède toujours ainsi :
- visite, confirmation de la location
- envoi du bail pour relecture
- dans les 2 jours, dépôt de la garantie locative, à titre d'arrhes jusqu'à signature du bail
- alors seulement, on prend rdv pour signer le bail

(Vous vous rappellez, cette autre discussion ?  )

(Heureusement que Panchito n'a pas posé 20 questions, on aurait déjà 3 pages de commentaires...)

A. Le mandat de l'expert :
Il est important de voir si cet expert a reçu un mandat de votre part. Lui avez-vous donné ? Envoyé un mail indiquant votre accord sur celui-ci et le partage des frais ? Est-ce indiqué ainsi clairement dans le bail ?
Si c'est le cas, il est bien sûr tenu de vous apporter une réponse directe.
Si ça n'est pas le cas, vous n'aviez pas à payer la moitié de ses honoraires, et ceux-ci peuvent être réclamés. A côté de cela, le rôle d'un expert n'est pas celui d'un avocat. Il n'est pas là pour défendre une personne en minimisant les défauts de l'un, et maximisant ceux de l'autre. Même s'il n'est mandaté que par l'une des parties, il doit normalement rester neutre dans son analyse.

B. L'état des lieux.
Vous n'étiez pas là, et ne semblez pas vous être fait représenter correctement --> vous vous êtes mis dans votre tord.
Néanmoins, l'état des lieux devant être contradictoire, il y a une carte à jouer. Mais à nouveau --> dossier à voir avec un avocat, car ce n'est pas du tout un élément suffisant pour déclarer nul celui qui a été établi !
J'ai déjà eu 2 locataires qui sont partis sans prévenir, et dans chaque cas, le juge a validé l'état des lieux ET le chiffrement des dégâts, malgré l'opposition de leurs avocats sur base du fait que celui-ci n'était pas contradictoire. Leurs tords étaient trop importants et non-explicables.

Un point important : avez-vous été convoqué à une date précise pour cet état des lieux ? Ou avez-vous validé une date quelconque directement / via l'expert ?

C. Le loyer / l'énergie
Vous devez distinguez les deux. Votre propriétaire peut régulariser des charges antérieures (voir le blog de Pim), mais ne peut pas indexer un loyer à plus de 3 mois. Dans votre cas, on parle des charges, et non d'indexation de loyer.
A nouveau, il convient de voir ce qui a été prévu au bail. Si rien ne l'a été, ou si aucune des mentions n'a été biffées, vous pouvez prétendre à l'application forfaitaire de ce qui était demandé.
Si par contre, un élément de communication entre vous montre que c'était bien des provisions, la régularisation est due (toujours dans l'optique où le calcul est juste, exact, et précis. Vous pouvez exiger de voir les factures et le détail du calcul, ... au domicile du bailleur !)

Je ne peux que répéter mon conseil intial.
Faites une synthèse, faites-vous conseiller par un professionnel, et ne vous mettez plus inutilement dans votre tord.

PS : Pour le déblocage de la garantie : il ne faut pas croire les affirmations 'tout noir' ou 'tout blanc' de Panchito.
S'il y a plusieurs banques effectivement un peu rigides, il y en a aussi plusieurs qui arrangent les bidons sans générer de problèmes inutiles. Oubliez donc les "impossible" ou "refusé partout" indiqués ci-dessus, et tentez ce que vous pouvez.

Waw... beaucoup de choses à dire, mais effectivement, c'est tellement long que je vais synthétiser.
Vous avez effectivement agi de nombreuses fois avec trop de facilité. Pas si naïvement que ça, mais vous comptiez trop sur les autres pour faire ce que vous auriez du faire vous-même. Vous en payez quelque peu le prix à présent.

1. Le bail reste prédominant, et vous devez le relire et vous y fier.
Il ne peut évidemment pas être changé unilatéralement.

2. vos ratios de charge sont fixes par rapport aux consommations totales de la maison. Cela implique effectivement que des régularisations ont lieu chaque année, en fonction de la facture annuelle. Jusque là, et du moment que les calculs sont juste (!), le propriétaire est dans son droit.

3. Pour tout le reste, et vu votre situation, je n'ai qu'une chose à dire : prenez cet avocat ! Il vous coûtera moins cher que ce que vous risquez de perdre si vous n'agissez pas.
Il y a des chances aussi pour qu'il écrive un courrier au proprio et qu'il s'exécute sans passer par la case tribunal.
- il est tenu de vous rembourser directement le loyer trop perçu

4. pour la question initiale sur l'expertise / l'état des lieux :
le propriétaire semble avoir mandaté un expert à ses frais. Vous n'indiquez pas que sa rémunération vous a été portée - en partie - en compte. Ni que vous lui avez donné un mandat quelconque.
Dans ce cadre, c'est bien normal qu'il n'ait aucun compte à vous rendre. Il agit en tant que conseiller de votre propriétaire, et ne vous doit rien.

Vous, de votre côté, semblez avoir donné mandat à votre propriétaire. Si vous l'avez mis par écrit, c'est tout de même délicat, car la non-contradiction de l'ELS est de votre fait quelque part.
Un avocat pourrait sûrement vous sortir de là. Il y a des arguments à mettre en avant, mais vous n'êtes pas exempt de reproches.

Votre problème principal :
S'il semble, d'après vos dires, que l'attitude de votre ex-propriétaire est malhonnête, vous avez tout fait pour laisser des preuves d'éléments qu'on peut vous reprocher. Prenez l'exemple du canapé : c'est un détritus encombrant que vous laissez à d'autres, et c'est bien normal que le coût de gestion de celui-ci vous revienne (manutention, transport et élimination - ça chiffre vite).
En revanche, il est anormal de vous porter en compte une amende pour l'instant inexistante. A voir si elle la devient.

Faites un résumé honnête,
Regroupez tous vos documents utiles (y compris emails, sms, etc.)
Et envoyez le tout à un avocat