Première question que je me pose. A qui appartient le grenier? Est-ce un lot repris dans l'acte de base? Si oui, il doit bien avoir un propriétaire. Si non, il appartient à la copropriété. Là on est dans l'occupation sans titre ni droit (ca arrive plus qu'on ne le pense). 
Ensuite, je lis qu'il n'y a toujours pas eu d'AG depuis min 3 ans... Comment l'immeuble est-il géré? Charges, entretien et réparation des communs, etc. Y a-t-il un syndic?

A priori vous possédez plus de 20% des parts de la copropriété (un lot sur 3 ou 4 si le grenier est un lot). C'est suffisant pour interpeler le syndic pour provoquer une AG. Si le syndic ne réagit pas dans les 30 jours, vous pouvez la convoquer vous-même. Pas oublier de faire cela dans les formes (cf. la loi et de nombreuses discussions sur ce forum) et d'y joindre un agenda, etc. Si vous vous substituez au syndic, vous devez suivre les règles qui s'appliquent à lui.
S'il n'y a pas de syndic, ou que celui-ci traine les pieds pour tout (c'est peut être celui qui vous a vendu votre appart?), vous pouvez toujours aller voir le juge de paix pour demander un syndic judiciaire (attention, pas gratuit, surtout pour une toute petite copropriété comme la vôtre)
Je me dis aussi qu'il y a un problème de charges. Un grenier n'est pas la même chose qu'un appart. Je parierais bien que le lot grenier a une quote-part qui ne correspond en rien à son utilité. Là aussi, en l'absence de bonne volonté des autres copropriétaires vous pouvez aller voir le juge. (et une redéfinition des quotités n'est pas non plus gratuite)

Sinon pour le reste, je crois que vous avez bien visé en vous attaquant au problème d'urbanisme et, selon les règles en vigueur là où vous êtes, les limites pour les locations court terme. Ca ne résoudra sans doute pas le problème d'AG ou de quoteparts, mais pourrait bien mettre fin à l'affectation illégale en logement. (pensez tout de même que dans un contexte de pénurie de logements l'urbanisme n'est a priori pas des plus réactifs sur ce genre de sujets)

Bonne chance!

J'ai été dans la même situation de devoir trouver un compte bancaire pour une toute petite copropriété (5 lots) dont je possède un lot.
La gestion bon père de famille mais assez brouillonne passait par un compte ouvert au nom d'un des copropriétaires qui jouait le rôle de syndic. Au moment où il a fallu ouvrir un compte au nom de l'ACP, ça a été la cata. Presque toutes le banques ont refusé et les seules qui ont accepté (2 dont la CBC où nous avons atterri faute de mieux) ont exigé un forfait annuel de 250 eur, outre les frais classiques d'un compte courant.
Franchement, restez chez Beobank!

Réponse simplifiée.

Au niveau de la durée du bail.
Un bail commercial qui a pris cours ne peut être résilié anticipativement par le preneur en dehors des prévisions de la loi (résiliation au triennat, art 3 §2, résiliation de commun accord, art 3 §3). Ou par décision de justice. A toutes fins utiles, rien à voir avec le bail de résidence principale: l'enregistrement ou pas n'a aucune influence, les règles spécifiques régionales de résiliation par le preneur non plus.
Vu que le bail a deux mois, il est donc entamé et une résiliation anticipée n'est possible qu'avec votre accord. Vous pouvez conditionner votre accord au payement d'indemnités de résiliation. Par exemple: la libération intégrale de la garantie en votre faveur, éventuellement plus, le payement intégral des loyers, provisions pour charges et taxes échus... Il est fréquent de partir sur 6 mois de loyer si les loyers et provisions échus ont été réglés, mais rien n'oblige.
Si vous résiliez à l'amiable, il faut le faire devant notaire ou confirmer devant le juge (seulement en Wallonie: possible aussi par un écrit qu'il faut enregistrer). Il va de soi que c'est habituellement le preneur qui paye les frais (somme toute raisonnables, mais vu le niveau de loyer...) puisqu'il est demandeur. Mais ici aussi, rien n'oblige.

Au niveau des dégâts locatifs.
Les règles applicables aux baux de résidence principale s'appliquent grosso modo. Pour faire simple, s'il y a état des lieux d'entrée, vous faites un état des lieux de sortie et le locataire paye ses dégâts. S'il n'y a pas d'état d'état des lieux d'entrée, la charge de la preuve de l'état initial incombe au bailleur => bonne chance!

Gardez en tête qu'avec le niveau de loyer que vous avez, tout désaccord faisant intervenir des tiers (juge, expert...) ou qui va prolonger l'occupation par un locataire insolvable va coûter bien plus que ce que ça va rapporter. Je vos conseille de transiger pour libérer les lieux au plus vite.

En matière de baux commerciaux, il n'y a pas de règles obligatoires pour ce qui concerne la garantie (contrairement aux baux de résidence principale).
Reste l'usage: 3 ou 6 mois, le plus souvent 6 pour les grosses locations, 3 pour les buibuis. Je conseille toujours les bailleurs d'exiger une caution bancaire appelable à première demande. Nettement plus pratique.
Maintenant, votre loyer est de même pas 600 eur... une caution bancaire est peut-être un canon pour tuer une mouche.
Vous pouvez aussi réclamer le payement du loyer trimestriellement et anticipativement. Ca vous met en position d'aller voir le juge de paix dès le premier retard. Cela correspond à 2 mois de garantie sur les loyers (mais rien sur les dégâts).
En tous cas, je ne peux que vous conseiller de ne rien céder sur les garanties que le preneur respectera ses engagements. Quitte à baisser un peu vos exigences niveau loyer (ou charges, PI...). D'expérience, le locataire commercial qui chipote sur la garantie est habituellement celui qui va vous causer des ennuis.

Moi je compte 15 jours entiers en 2024 (31-16 = 15) et si j'en ajoute 15 j'arrive au 16 à 0h.
Si décembre avait eu 30 jours, alors le 15 d'accord. 

Je comprends que vous souhaitez convoquer une AG conformément à l'art 3.87 §2 al.3 (l'AG est convoquée par un copropriétaire car le syndic ne le fait pas malgré la demande d'1/5 de la coprop).
Mon avis.
Rien ne dispense le copropriétaire qui se substitue au syndic de respecter la procédure qui est imposée à celui-ci. Donc:
- Oui, un recommandé à chacun des propriétaires.
- En cas de pluralité de propriétaires: un recommandé pour chacun. Même si mariés et domiciliés à la même adresse. (je me base sur la règle à suivre pour les demandes de renouvellement en bail commercial car celle-ci est basée sur le droit commun et je ne vois pas pourquoi cela serait différent)
- Sauf
   - pour les propriétaires qui ont indiqué un autre moyen de communication (art 3.87 §3 al.3). Le propriétaire qui reçoit un mail de convocation et qui y répond ou donne une preuve de réception remplit selon moi les exigences de la loi ("accepté, individuellement, explicitement et par écrit"). La loi ne dit pas que cette acceptation doit être préalable à l'envoi de la convocation ni quel moyen écrit d'acceptation est exigé.
   - pour les propriétés démembrées pour lesquelles un mandataire a été désigné (art 3.87 §1 al.2). Dans ce cas uniquement au mandataire.
Quant aux adresses, la dernière connue me semble OK (art. 3.87 §3 al.3).
Le droit d'habitation n'est pas un droit réel mais bien un droit personnel (comme une location). Le bénéficiaire de ce droit ne doit donc pas être convoqué. Au contraire du plein propriétaire de ce lot.
Et puis pour le reste la convocation doit être envoyée à temps, contenir ce qu'il faut, etc. etc. etc.

D'un point de vue pratique, si vous ne voulez pas vous emmerder à faire la file à la poste, il existe TBC post. https://tbc-post.info/ Un petit mail avec le doc à envoyer en recommandé, la liste d'adresses, et ils s'occupent de tout. Et ils font aussi les recommandés hybrides, c'est à dire qu'on peut signer le doc électroniquement (signature de niveau 3 chaudement recommandée) et ils assurent la légalité de la matérialisation pour un envoi physique. Testé et approuvé!

En fait votre question vaut pour le contrôle de toute mission d'expertise judiciaire, peu importe la mission qui lui est confiée par le tribunal (syndic provisoire, expertise de valeur...). Je suis expert judiciaire. Vous ne trouverez pas la réponse dans les règles relatives à la copropriété mais bien dans celles qui régissent les missions d'expertise judiciaire. Articles 962 à 991 bis du Code Judiciaire, en particulier les art 973 (Contrôle de la mission) et 974 (délais).
En deux mots, si une partie considère que l'expert ne remplit pas sa mission correctement, elle peut s'adresser au juge.
D'expérience, la plupart des problèmes trouvent leur origine dans une mauvaise définition de la mission de l'expert. Les parties ont été devant le juge avec leurs doléances, celui-ci n'a pas tout saisi et a balancé la patate chaude à un expert. La mission est définie vaille que vaille. Mais l'expert est tenu de rester dans sa mission. Donc si celle-ci n'est pas bien définie, c'est le bazar (sans parler des coûts qui s'envolent rien que pour comprendre ce qu'il faut faire). D'où la grande utilité pour la partie susceptible de profiter le plus de l'intervention d'un expert judiciaire de bien définir upfront la mission de l'expert qu'on proposera au juge. 

Art. 973. Contrôle du juge sur la mission d’expertise
§ 1er. Le juge qui a ordonné l'expertise, ou le juge désigné à cet effet, suit le déroulement de celle-ci et veille notamment au respect des délais et de son caractère contradictoire.
Le juge peut, pour des motifs d'urgence, réduire les délais prévus par la présente sous-section ou dispenser les experts de certains modes de convocation.
Les experts exécutent leur mission sous le contrôle du juge, qui peut à tout moment, d'office ou à la demande des parties, assister aux opérations. Le greffier en informe les experts, les parties et leurs conseils par lettre missive, et, le cas échéant, les parties qui ont fait défaut, par pli judiciaire.
§ 2. Toutes les contestations relatives à l'expertise survenant au cours de celle-ci, entre les parties ou entre les parties et les experts, y compris la demande de remplacement des experts et toute contestation relative à l'extension ou à la prolongation de la mission, sont réglées par le juge.
A cet effet, les parties et les experts peuvent s'adresser au juge par lettre missive, motivée. Le juge ordonne immédiatement la convocation des parties et des experts.
Dans les huit jours, le greffier notifie la convocation aux parties, à leurs conseils et à l'expert par pli simple.
Par dérogation à l'alinéa 3, le greffier notifie la convocation dans les huit jours par pli judiciaire :
1.    Aux parties qui ont fait défaut ;
2.    Aux experts judiciaires dont le remplacement est demandé ou contesté ;
3.    Aux experts judiciaires qui font l'objet d'une demande d'élargissement ou de prolongation de leur mission, ou d'une contestation de cette demande.
La comparution en chambre du conseil a lieu dans le mois qui suit la convocation. Le juge statue, par décision motivée, dans les huit jours.
Le greffier notifie cette décision conformément aux alinéas 3 et 4. En cas de demande de remplacement, de refus de l'expert d'accomplir la mission ou d'absence injustifiée de l'expert lors de la réunion d'installation, la décision est notifiée, selon le cas, à l'expert confirmé, ou à l'expert déchargé et au nouvel expert désigné par pli judiciaire.
Art. 974. Suivi de la mission et délais
§ 1er. Si le délai fixé pour le dépôt du rapport final est supérieur à six mois, l'expert adresse tous les six mois un rapport intermédiaire sur l'état d'avancement de ses travaux au juge, aux parties et aux conseils. Cet état d'avancement mentionne :
-    Les travaux déjà réalisés ;
-    Les travaux réalisés depuis le dernier rapport intermédiaire ;
-    Les travaux qui restent à réaliser.
§ 2. Seul le juge peut prolonger le délai pour le dépôt du rapport final. A cet effet, l'expert peut s'adresser au juge avant l'expiration de ce délai, en indiquant les raisons pour lesquelles le délai devrait être prolongé. Cette demande est notifiée conformément à l'article 973, § 2, alinéas 3 et 4, sauf à l'expert requérant. Les parties communiquent dans les huit jours leurs observations éventuelles. Le juge peut ordonner la comparution des parties et des experts conformément à l'article 973, § 2.
Le juge refuse de prolonger le délai lorsqu'il estime qu'une prolongation n'est pas raisonnablement justifiée. II motive cette décision.
§ 3. En cas de dépassement du délai prévu et en l'absence de demande de prolongation avenue dans les délais, le juge ordonne d'office la convocation, conformément à l'article 973, § 2.

Je suis expert en immo professionnel. A vous lire, vous n'avez pas vraiment d'idée de ce que c'est que posséder et gérer une société. Evidemment que la gestion de l'immeuble est identique. L'immeuble reste l'immeuble. Ce qui change est que vous avez en plus la gestion de la société. Le comptable n'est qu'un exécutant qui aligne des chiffres conformément aux lois, ça reste vous qui prenez les décisions et savez profiter du cadre ou pas. Une société a un coût qu'il faut pouvoir amortir sur une quantité d'actifs significatifs. La reprise d'une société a également un coût. Comptez 5 à 10k si vous voulez faire ça bien. Qu'évidemment vous perdez si vous n'achetez pas finalement.
Comme déjà évoqué dans une autre discussion, sauf si vous mutez en gros investisseur (largement au-dessus du Mo en actifs, plutôt genre 5Mo+) ou vous spécialisez en immo pro, la possession en personne physique reste de loin la meilleure solution dans le cadre législatif et fiscal actuel.

Arrêtez de chipoter. Si l'immeuble vous intéresse, faites une offre pour l'actif. Au vendeur à se débrouiller avec ses magouilles passées. 

Sinon, pour répondre à votre première question, la valeur des parts d'une société est (en très résumé parce qu'il y a plein de subtilités):
Valeur des actifs réels, pas comptables (l'immeuble, les liquidités, les permis utiles obtenus non encore exécutés, etc.)
Moins les passifs réels ou latents, pas comptables (dettes aux banques, au fisc, latence fiscale...)
Moins le risque (pour se couvrir de tout ce que le précédent a planqué sous le tapis sans vous le dire)

Ca sent l'usine à gaz votre truc. Et puis quelle drôle d'idée de mettre B dans A...
Je comprends que A est une société d'exploitation et B une immo. A est a priori nettement plus à risque que B. Si A se plante, B se plante avec.
Le bon schéma est A et B vous appartiennent toutes les 2 et son indépendantes l'une de l'autre. L'idéal est de mettre à la tête de l'immo une personne de confiance (votre conjoint ou un parent proche par exemple) tout en gardant le contrôle de l'actionnariat. Mais ce n'est pas obligatoire.
A et B signent un bail. Pour passer un peu plus inaperçu, les signatures sont différentes puisque votre conjoint / parent dirige B et vous A. Personne n'est dupe toutefois, certainement pas le fisc. Il faut donc que les loyers restent dans une fourchette de marché pour ne pas se faire redresser. Idéalement un petit rapport d'expert peut aider, mais évidemment ça coûte. Vous pouvez voir cela comme une assurance.
A est supposé enregistrer le bail. Mais ça ne lui rapporte rien puisque l'enregistrement protège le preneur contre son bailleur en cas d'aliénation. Et qu'il s'agit de votre poche gauche et de votre poche droite. Par contre, j'ai entendu que le fisc avait tendance à être plus sévère sur le redressement des loyers considérés comme hors marché si le bail n'est pas enregistré. L'idée étant que si le bail est enregistré, il est opposable au tiers, le fisc étant un tiers.
Quant à l'administration de l'enregistrement, mon expérience (20 ans quand même, ça ne me rajeunit pas) est qu'elle ne lèvera pas le petit doigt. Cette même expérience est que (sauf dans les lieux où les preneurs sont de très grosses sociétés), entre un tiers et la moitié des baux commerciaux ne sont pas enregistrés.
Moi, je ne m'inquiéterais pas pour l'éventuelle amende pour défaut d'enregistrement. Il y a dans votre situation des problèmes plus importants à régler d'abord.