Une question pour GT, le champion des recherches dans les sources juridiques.
L'annexe explicative obligatoire en région wallonne a été publiée au Moniteur le 3/10/2018 et l'arrêté du Gouvernement wallon date du 5/07/2018 (date de publication ?).
A quelle date est entrée en vigueur l'obligation d'enregistrement du bail pour pouvoir indexer en région wallonne ?

Parce que si c'est 30 jours après le 3/10/2018, dans le cas de Sylvietiti5, ça rebat les cartes...

J'essaie de comprendre votre question je vous assure.
Mais dans ce que JE comprends, je vois plusieurs questions et pas qu'une seule.
1) selon moi le nouveau loyer ne peut pas être de 1063 sur base des données communiquées.
Le loyer était de 998 du 1/11/18 au 31/10/19.
Le loyer aurait dû être de 1004.64 du 1/11/19 au 31/10/20 (998*108.98/108.26).
Le loyer aurait dû être de 1015.05 du 1/11/20 au 31/10/21 (998*110.11/108.26).
Le loyer doit être de 1050.36 depuis le 1/11/21 (998*113.94/108.26).
Donc soit le loyer actuel de 1063 est erroné, soit une des 3 données de base que vous avez communiquée est erronée.

2) Quid de la rétroactivité de 3 mois ?
La rétroactivité de 3 mois s'applique lorsque le bailleur a omis de réclamer l'indexation et qu'il la demande avec retard.
Il ne peut alors "réparer" son oubli que sur les 3 mois qui précèdent la demande.  Tous les mois antérieurs sont perdus.
Vous nous communiquez que le bailleur a régulièrement (dans le sens du timing) demandé les indexations.
A mon sens, il n'y a donc pas d'indexation oubliée et donc de rétroactivité de maximum 3 mois... mais je ne suis pas juriste.  Juste un simple propriétaire forumeur.

3) Je n'ai pas connaissance qu'il soit nécessaire de demander l'indexation par recommandé, même si cela peut être conseillé afin de se ménager une preuve forte.
J'imagine (mais c'est à vérifier dans votre bail) que l'indexation est acquise de plein droit dans le texte du bail.
Quand bien même cela aurait dû être fait par recommandé (ce dont je serais extrêmement surpris, mais n'ayant pas votre bail sous les yeux je ne peux pas être affirmatif), le fait que vous ayez payé cette indexation prouve que vous en aviez bien connaissance et chercher ce prétexte pour contester ne me paraît pas être une piste très sérieuse.  Mais ce n'est que mon avis.

4) Les indexations n'étaient-elles pas dues parce que le bail n'était pas enregistré ?
Je ne suis pas juriste, je ne me suis pas aventuré à répondre à cette partie de votre question.
D'abord parce que c'est aujourd'hui régionalisé et que je maîtrise pas toutes les législations en Belgique.
Ensuite parce que je ne sais pas quelle était la règle en vigueur dans votre région le 1/11/2018.
Ensuite parce qu'il est de notoriété publique que ce n'est pas parce qu'un bail n'est pas dans "Myminfin" ou que l'administration n'a pas envoyé la preuve de l'enregistrement que le bail n'est pas enregistré.
Vous nous dites qu'il ne l'était pas et qu'il l'a été en février 2022.  Soit.  Mais sur quels éléments vous appuyez-vous pour dire cela ?
Avez-vous une preuve de la date d'enregistrement en février 2022 ?
Et enfin, il me semble qu'à partir du moment où vous avez accepté l'indexation (que j'imagine prévue au bail) par vos paiements indexés, je vois mal sur quelle base vous pourriez arguer qu'elle ne devrait pas s'appliquer.
Je parle ici du principe de l'indexation.  S'il y a du trop payé à récupérer suite à un recalcul correct de ce qu'elle aurait dû être, ça c'est un autre sujet.

Je réponds avec sincérité avec ce que je crois savoir.  Je suis désolé si cela ne vous aide pas.  C'est le principe des forums.

On peut critiquer les notaires et leur coût.
Néanmoins pour ma part, je me sens plus rassuré d'acheter un bien en Belgique avec toutes les vérifications que le notaire doit faire dans notre pays par rapport à ce qui se pratique parfois à l'étranger.  Notamment en Espagne où vous avez sérieusement intérêt à avoir un bon conseiller.
Je trouve aussi que le fait que les consultations informatives soient gratuites chez nos notaires belges est important pour l'accessibilité de la justice à tous, y compris ceux qui ont des moyens (intellectuels ou financiers) limités.
Le système belge n'est pas parfait, il pourrait être moins cher, mais il a aussi ses avantages.

Ca me fait plutôt penser à une publicité mensongère : que la plage soit à 5 minutes de l'appartement, je veux bien le croire.
Que l'appartement soit à 5 minutes de la plage... il faut être champion pour monter ça en 5 minutes !

Ca ça a déjà été fait en France.  C'est une des raisons pour lesquelles de nombreux châteaux ont parfois des fenêtres murées sur lesquelles parfois une peinture en trompe l'oeil vient simuler une fenêtre pour continuer à maintenir une symétrie ou une harmonie.

Le sujet de l'évolution de l'architecture en fonction des taxes est d'ailleurs un sujet que j'ai toujours trouvé intéressant.

A une époque, il y a eu une taxe sur le nombre d'ouvertures en façade.  Les gens se sont adaptés et ont construit avec des portes d'entrées en pignon ou dans un renfoncement qui permettait de ne pas avoir la porte parallèle à la façade.

A Liège, il y a eu une taxe sur les balcons (au prétexte qu'ils empiétaient au-dessus de l'espace public).  Certains propriétaires ont alors fait démonter leurs balcons.  Ce qui était parfois dommage lorsqu'il s'agissait de balcons en pierre bleue et avec des rembardes en fer forgé parfois bien élégantes.

Je suis certain qu'il y a plein d'autres cas.  Si vous en connaissez, je suis intéressé de les lire.

Je ne partage pas le point de vue de Rexou, surtout dans ce qui est sous-entendu.

Le bailleur doit rétrocéder au locataire la réduction de précompte immobilier depuis que celle-ci a été accordée.
Rien ne nous dit que dans le cas présent elle ait été accordée depuis 9 ans, mais quelle qu'en soit la durée, ne pas la rembourser est malhonnête.

Le bailleur doit laisser la jouissance paisible du bien loué.
On nous dit que le propriétaire débarque sans prévenir et fait des travaux sans prévenir.
Je n'ai aucune raison de mettre en doute ce que Jen1984 écrit.
Il est difficile de savoir longtemps à l'avance quand les ouvriers vont débarquer.  Personnellement, e suis content quand ils m'annoncent leur venue 48h à l'avance. 
Si les travaux ne sont pas annoncés du tout, ce n'est pas correct. 
Si les travaux sont annoncés mais que l'arrivée effective des ouvriers se fait en dernière minute, c'est regrettable, mais je ne dirais pas que ce n'est pas correct.  Tout est une question de contexte.

Si le bailleur fait des travaux, ce n'est pas nécessairement au profit du locataire et ça ne lui convient peut-être pas du tout.
Penser que par défaut les travaux vont satisfaire le locataire est, à mon sens, une erreur.

Minorer le loyer à l'enregistrement pourrait s'expliquer par de multiples raisons dont nous ne savons rien (détournement d'une partie du loyer en défaveur d'un indivisaire ; bailleur en société qui minorerait ses revenus taxables.  On peut tout imaginer).
De toute façon, je ne vois pas en quoi cela pourrait léser le locataire, à moins que celui-ci n'en fasse un argument pour arguer d'un trop payé depuis des années.  Mais comme dit Grmff, ce serait choisir la voie de la malhonnêteté et ce n'est pas toujours payant.

Bien évidemment, si le bailleur n'est plus satisfait de son locataire, il a la possibilité, dans le strict respect de la loi et des éventuelles indemnités à payer, de mettre fin au bail.
Peut-être alors qu'à ce moment là, le locataire pourrait avoir des difficultés à se reloger.  Peut-être pas.

Et autant je lis souvent Rexou dire qu'un locataire un peu malhonnête ne profiterait ensuite de plus aucune souplesse de la part de son bailleur, autant je suis étonné qu'il trouve acceptable qu'un peu de malhonnêteté dans le chef du bailleur devrait être toléré par le locataire.
Je le redis, ne pas ristourner la réduction de précompte immobilier est malhonnête.

De manière générale pour un état des lieux :
- être rigoureux et systématique : se forcer à regarder dans chaque pièce chaque élément (plafond, sol, mur, fenêtre, porte, électricité...)
On peut imprimer à l'avance une check-list pièce par pièce.  Ca permet d'éviter d'oublier quelque chose.
On se focalise parfois sur un problème qui saute aux yeux, on y passe du temps et on peut oublier de détailler le reste de la pièce.
- tester chaque prise électrique avec un appareil simple (radio, sèche-cheveux...).  On branche, ça fonctionne => ok.  On voit tout de suite s'il y a un souci (probablement d'ailleurs une bonne pratique que j'ai trouvée ici sur le forum).
- faire fonctionner chaque radiateur, chaque chasse d'eau, chaque robinet (le froid ET le chaud), ouvrir et fermer chaque fenêtre, chaque volet...
- Ne pas oublier de tester chacune des clés rendues (c'est toujours frustrant de devoir forcer sa propre boîte aux lettres parce que la clé rendue par les locataires n'est pas la vôtre).
- si les lieux ne sont pas parfaitement vides et que le locataire vous abandonne des objets, regarder derrière ou en-dessous si il ne les abandonne pas pour justement cacher une misère dessous.

Faire preuve de philosophie.

Ces généralités ne sont pas nécessairement adaptées à votre situation déjà compliquée.

Bonne chance.

J'ai déjà constaté des situations similaires : si l'administration dispose d'un montant supérieur à celui que vous avez déclaré, dans votre AER, elle prend en compte son montant.  A vous de réclamer ensuite.
Que ce soit pour des revenus de pension (non taxable en Belgique pour la partie de l'année pendant laquelle vous étiez non-résident) ou pour des revenus mobiliers communiqués par votre banque étrangère sur une autre clé de répartition que la clé applicable (en cas de démembrement nue-propriété/usufruit).
Le fait de communiquer des annexes explicatives et justificatives en même temps que la déclaration est sans effet : dans un premier temps le fisc n'en tient pas compte.

Il y a peut-être un souci sous-jacent que votre interlocuteur n'est pas en droit de vous communiquer.
Par exemple, le nom d'une des parties correspond (ne fut-ce que par homonymie) avec au choix un terroriste, un trafiquant...
Du coup votre interlocuteur invente n'importe quoi pour gagner du temps.
S'il a besoin de l'aval au choix d'un supérieur, du parquet, d'un juge... en cette période de Covid et de Noël, le traitement du dossier peut être plus long qu'il ne le devrait.

Après, Bpostbanque ce n'est pas une banque.  (Je précise que ce n'est qu'un avis personnel, je ne voudrais pas que GT perde du temps à me trouver l'agrément de Bpostbanque.  )
C'est une entreprise postale qui joue à la banque.
Il y a donc plein d'autres hypothèse pour expliquer l'absence de libération rapide des sous.

On trouve souvent des remontées de salpêtre dans les anciennes étables transformées en habitation.
C'est dû à l'ammoniaque des urines des animaux qui ont occupé les lieux avant.
Est-ce le cas de vos locaux ?