Pour les arbres à moins de 2 m de la limite, il est bien interdit de les planter mais aussi de posséder des arbres plantés à moins de cette distance.
Toutefois, on peut acquérir une servitude accordant le droit de posséder des arbres à cette distance inférieure.  Cette servitude étant continue et apparente, elle peut s'acquérir par prescription ou destination du père de famille !

Pour l'accord de la commune, j'ai connu un cas particulier (pas comme propriétaire, ni voisin) d'une administration communale qui refusait d'accorder l'autorisation d'abatage de plusieurs arbres, vieux et en mauvaise santé.  Le propriétaire voisin a demandé au propriétaire de procéder à cet abatage pour raison de sécurité en communiquant un avis d'expert.  Le propriétaire des arbres a demandé officiellement à l'administration si celle-ci accepte de porter la responsabilité en cas d'accident !  l'autorisation a été accordée !

Sauf a prouver qui a détruit l'allée, et bonne chance, le coût de remise en état est a divise par 2 !  Le voisin et le locataire !  Je ne vois pas où est le problème !

professionnellement, comme géomètre expert, j'en arrive au raisonnement suivant:
Si le bail prévoit l'entretien tous les 2 ans (ou 3) et que le locataire apporte la preuve que cet entretien a bien été effectué, j'applique un calcul au prorata temporis.  entretien fait il y a 1 an, soit 1/2 coût d'entretien.
Pas de preuve d'entretien apportée, j'impute 100 % du coût d'un entretien car j'ignore tout a fait dans quel état se trouve la chaudière, et en plus il m'arrive d'émettre des réserves si quelque chose m'interpelle, comme des réglages de température au maximum ou trop peu de pression !

Si rien n'est prévu au bail, j'impute un entretien à charge du locataire.

Au locataire qui ne m'inspire pas confiance, qui m'agresse (verbalement, oui ça existe) j'impute d'office un entretien et des réserves quand au bon fonctionnement de l'installation !

dossier d'états des lieux spécial, client propriétaire très spécial !    J'essaye juste de savoir comment je dois jouer ma musique !

Je suis du même avis.  tout ce qui touche à l'étanchéité, à la stabilité, la sécurité, etc. devrait être également réparti avec les garages.

On conseille aussi d'indiquer dans le bail le type de charges qui sera imputer au locataire.

Ne pas perdre de vue l'énorme erreur du propriétaire, ne pas avoir fait d'état des lieux d'entrée !!!!

Une seconde erreur, c'est sa reconnaissance implicite d'un problème d'humidité en fournissant un déshumidificateur !!!

Une troisième erreur, avoir choisi un expert honnête !!!!!

Je  connais un peu le fonctionnement des AIS et je suis surpris qu'il n'y ai pas eu de courrier avant d'en arriver à l'arrêt de paiement du loyer.
Nous n'avons pas toutes les données.  De quel problème technique s'agit il?

Je crois que la clause est un peu limite au niveau de la loi !   je serais curieux de connaître l'avis d'un juge de paix à ce sujet !

Pourquoi ne pas respecter le début de cette clause: être présent à l'état des lieux avec le propriétaire.  Voir quels sont les dégâts qu'il vous compte et si vous n'êtes pas d'accord, vous pouvez convenir avec lui d'établir la liste détaillée de ces "dégâts", de faire des photos et d'ensuite aller chez le juge de paix !  cette façon de procéder permet la libération immédiate des lieux ce qui n'est pas le cas s'il faut, à postériori, faire appel à un expert. 
Si vous êtes certain de ne pas avoir de dégâts, vous pouvez envisager sans crainte le passage à la case "justice de paix".